Dejó cuadernos comparados a las moradas de Santa Teresa, donde explica que lo que escribió no era producto de lo aprendió en los libros, sino producto de las conversaciones que tuvo con Dios. Luchó por los indios, impidió el abuso español, apoyó a los incas.
Un domingo caluroso Rosa se encontraba extenuada por el ayuno, esperaba la bendición de las palmas, sintió una sensación de paz, volvió a ver a la virgen que le dijo que tenía que convertirse en esposa de Jesús, algo que ya le había pedido en ocasiones anteriores, en éxtasis absoluto le contestó: He aquí tu esclava, tuya soy, y tuya seré siempre.
Sólo los elegidos, los santos, pueden conocer en la tierra ese grado de éxtasis. Se mandó a hacer un anillo con las iniciales JHS y con el lema: Rosa de mi corazón, lo llevó a guardar junto con el Santísimo hasta el domingo de resurrección. En los desposorios que se celebraron el día de pascua se convirtió oficialmente en esposa del Señor, el padre Lorenzana disimuladamente le puso el anillo a Rosa y fue ante los ojos de los hombres la esposa del Señor.
Dos años antes de su muerte, se puso bastante mal, contrajo una enfermedad y fue a vivir a casa de una familia, murió un 24 de agosto de 1617, tras sufrir intensos dolores y fatiga. Tres días antes de su muerte se despidió de sus padres, se levantó de su catre para estar con ellos, un día antes de morir se agravó, corrió la noticia, ya no quiso que el médico la viera. Sus padres y hermanos estuvieron con ella, a media noche se fue, le dijo a Hernando: “acomódame bien que quiero descansar, ponme un tronco debajo de la cabeza”, se despidió, volvió la cabeza a la derecha y dijo: “Jesús sea conmigo” y expiró.
Sucedieron hechos incontrolables, se le colocó en la capilla ardiente, llegó gente de todos los estratos sociales a profesarle su veneración, le rasgaron las ropas, le cortaron un dedo del pie y robaron su rosario.
El proceso de beatificación se puso en marcha, había ya 10 expedientes, entre ellos el de Santa Rosa de Lima, fue ella la primera seleccionada porque los testimonios y testigos eran vivos y la información verídica.
Clemente IX apresuró los trabajos de beatificación en 1668, es declarada Santa en 1671 por Clemente X
Santa Rosa de Lima patrona de Perú, de América, del Nuevo Continente.